Да не переживайте Вы так. С вероятностью 99,9 процентов в Вашем случае никаких последствий не будет. Если бы покупатель этой квартиры хотел бы обратиться за налоговым вычетом (а это единственный вариант когда бы могла начаться проверка, ну может быть исключение еще, когда ОНП запросит документы по сделке сами - но это маловероятно все таки), то он бы не согласился на указание в договоре другой суммы. А так - в налоговой даже никто внимания не обратит на это...
В Москве к примеру квартиры в центре города рыночной стоимостью 400 млн. продают за 900 тысяч - у наших органов на это ноль внимания.